Что такое корневая директория сайта?

Допустим на Вашем компьютере существует только один жесткий диск с единственным разделом C:

и на нем нет ни одной папки. Куда Вы будете записывать файлы? Правильно, в корень диска или, так называемую корневую директорию. Понятно, что при отсутствии тематических папок и хоть какой-нибудь иерархии работа с файлами станет огромной головной болью для пользователя. Поэтому в корневой директории создаются тематические папки отдельно для операционной системы, отдельно для устанавливаемых программ. Внутри этих папок создаются другие папки, а в них ещё папки и так далее. Таким образом, создается многоуровневая система вложений данных.

То же самое происходит и на сервере, где находится Ваш сайт, а вернее на выделенном под сайт месте на жестких дисках серверов Вашего хостера. Система файлов и папок сайта здесь также создают многоуровневую систему. Так вот самый высший уровень, когда файлы выше записать уже невозможно и является корневой директорией.