Что делать, если размер флешки уменьшился?

Уменьшился если я правильно понимаю, то пропало некое место, которого просто не видно? Тогда имеет смысл полностью фарматнуть флэшку. Скорей всего там нечто сидит, что система не может увидеть по разным причинам. При форматировании это должно удалиться.

Само по себе место никак не уменьшится. Протестируйте ремонтной утилитой накопитель, если нет аппаратных сбоев в файловой системе, то можете выбросить на помойку. Если есть, то утилита восстановит его. Затем прозвоните антиавторуном.