Что будет если убрать cmd из автозагрузки в Windows?

cmd - это команда, вызывающая программу командной строки. Для обработки набора команд, их можно сохранить в файл с расширением cmd - такой файл будет открываться через указанную выше программу.

Если Вы уберете файл cmd из автозагрузки, Вы предотвратите выполнение прописанных в нем команд при загрузке компьютера. По умолчанию, все критические (как в хорошем, так и плохом смысле) для работы компьютера команды запрятаны достаточно хорошо, чтобы пользователь компьютера не смог случайно с ними что-либо сделать.