Зависит ли скорость USB Модема, от скорости USB на материнской плате?

Смотря какой тариф и смотря какой тип USB порта. Вот на что способны разные версии USB:

USB 1.0

Low-Speed 1.5 Мбит/с; Full-Speed 12 Мбит/с

USB 2.0

Low-speed 10—1500 Кбит/c (ну на это внимание не обращаем, режим для работы с клавиатурой и мышкой); Full-speed 0.5—12 Мбит/с; High-speed 25—480 Мбит/с

USB 3.0

до 5 Гбит/с

Т. е. до 12 мегабит вообще не важно какой порт будет использован.

Если у Вас не древний компьютер с USB 1.0, то нет! Пока еще не один тип интернета не достиг скорости передачи между USB устройствами, поэтому в этой цепочки юсб не виноват)