Закончился договор аренды нежилого помещения, как лучше его продлить?

В случае окончания срока договора аренды, при делании обеих сторон он продлевается. Каким образом Вы это оформите - не важно. Если правоотношения двух сторон сильно не меняются, проще сделать дополнительное соглашение, скорее всего там будут отражены изменения по срокам договора и цене арендной платы. Если же условия договора меняются кардинально, то лучше подписать новый договор. В любом случае оба варианта допустимы и зависят от решения сторон по этому вопросу.