Все ярлыки стали одинаковыми с расширением «lnk», что делать?

Ну вообще-то все ярлыки и должны иметь такое расширение. Если Вы кликнете по любому ярлыку правой кнопкой и нажмёте на Свойства - Подробно, то увидите, что каждый ярлык имеет расширение .lnk.

Однако случается, что все ярлыки становятся одинаковыми и открываются одной программой, например, каким-то браузером.

Скорее всего, Вы сами случайно установили умолчание для расширения .lnk. Наверное, пытались открыть один из файлов .lnk некой программой и не убрали галку "Использовать для всех файлов такого типа". В результате все ярлыки стали иметь одинаковые иконки, скажем, как у Firefox или Word.

Исправить это поможет программка Unassociate File Types. Скачиваете её, запускаете. Выбираете расширение .lnk и нажимаете Remove File Association. Всё восстановится.

Подробно про это можно прочитать вот тут - ссылка.