Возможно ли закрыть ИП с долгами в пенсионный фонд, как быть?

Закрыть и. п. с долгами перед пфр можно, надо подать заявление о закрытии в регистрирующий орган со сведениями о долгах, либо пройти процедуру банкротства. Но ни то не другое не освобождает вас от уплаты долга. Поэтому, Вам лучше оплатить за должность перед пфр, Тем более, если исходить из Вашего описания вопроса, долг за три месяца можно и погасить это не такая большая сумма. Что касается налоговой, если за все время Вашей предпринимательской деятельности, был нулевой либо отрицательный доход, то Вам необходимо приехать в налоговый орган и заполнить нулевую декларацию о доходах. Странно, почему Вы этого не сделали сразу, как подавали заявление на закрытие и. п.

Закрыть с долгами можно через процедуру банкротства. Но подумайте о ваших работников которые когда то пойдут на пенсию, а страховые взносы за них вы не заплатили, какую пенсию они смогут получить, да и страховой стаж каклй у них будет.