В какой программе с видео можно обрезать рекламу сайта?

Вам должна подойти программа After Effects, у нее очень большой функционал, что позволяет реализовывать при ее помощи очень многие вещи. Однако, другой вопрос в том, сколько пространства занимает реклама, если она проходит поперек экрана посередине, тут уж будет сложновато, а если она где-то в нижнем углу и занимает небольшое пространство, то можно даже видео просто растянуть и спрятать эту часть, тогда - дело пяти минут. Как пользоваться программой смотрите на сайте videosmile.ru, там есть уроки и по другим программам, возможно, какая-нибудь другая Вам подойдет даже больше.