В каких документах прописывается, с НДС работает фирма или без НДС?

Является ли фирма плательщиком НДС зависит от системы налогообложения, прописанной в учетной политике организации.

Если вы на общей системе налогообложения (ОСНО), то являетесь плательщиком НДС.

Если вы перешли на упрощенную систему налогообложения (УСН) или платите Единый налог на вмененный доход - то НДС вы не платите. Переход на упрощенную систему налогообложения носит уведомительный характер, т. е. вы должны написать заявление о переходе на УСН в налоговую инспекцию. Переход на УСН можно осуществить с 1 января.

ЕНВД облагаются не все, а только некоторые виды деятельности (например, розничная торговля или оказание бытовых услуг населению). Также носит заявительный характер.

Но для того, чтобы появилась возможность не платить НДС, а работать на УСН или ЕНВД, необходимо, чтобы соблюдались критериии (например, ограничение по численности работников, по выручке и др.)

То есть отвечая на вопрос о документах:

1) заявление о переходе на УСН или ЕНВД

2) учетная политика организации для целей налогообложения