В чем разница между отделом и службой?

Отделом можно назвать во всех случаях, так как это общее наименование, но это не всегда корректно. Если взять, например, транспорт, то для него как и для многих объектов применимы виды деятельности: разработка, испытания, производство, поставки, маркетинг, перевозки, ремонт, обслуживание, а также его применение в логистике (когда, откуда и куда и каким видом). Понятно, что отдел не может всем сразу этим заниматься, да и предприятие вряд ли такое найдётся.

Транспортный отдел не о чём не говорит, а чем он у вас занимается? Отдел испытаний транспортных средств, ... или ещё что-то.

Если занимается услугами в области маркетинга потребителей разного рода транспорта, перевозок транспортных средств от их производителей для торговой сети, перевозок определённых товаров на транспортных средствах, ремонта и обслуживания транспортных средств по заявкам, то вполне такой отдел можно назвать транспортной службой.

Также иногда на предприятиях создают службу без выделения в подразделение, то есть из сотрудников предприятия как доп обязанность для них, например, контрактную службу, - работает, если к ней обратятся по необходимости закупки.

Транспортный отдел - транспортная служба. - и то и другое может быть в природе;

Контрактный отдел - контрактная служба. - и то и другое может быть;

Отдел кадров - служба персонала. (служба персонала приемлема для города, когда житель может обратиться туда как к услуге при поиске работы, а для предприятия - отдел кадров).

Также служба может быть и как отдельное юридическое лицо, оказывающее услуги для города, региона и страны в целом. Например, службы есть в составе министерств РФ.

Как правило организации имеют подразделения, в которых предусмотрены определённые должности и техническое оснащение (оборудование). Коротко о должностях и подразделених говориться во "Введение" документа "Квалификационный справочник должностей руководителей, специалистов и других служащих".

http://base.garant.ru/180422/

Кроме того могу пояснить, что подразделения: отделение, отдел, сектор и группа это достаточно общие наименования; лаборатория - когда цель деятельности подразделения экспериментальные научные исследования или производственный контроль, поэтому в лаборатории много оборудования; служба - когда цель деятельности подразделения оказание услуг по техническому обслуживанию и ремонту оборудования предприятия (служба главного инженера) или сети связи (телеграфная служба, телефонная служба, ..), по перевозкам (транспортная служба), по предоставлению информации, ... Также службы могут действовать по региону и стране в целом.