Стоит ли конвертировать тексты в один вид, если скачаны в разных форматах?

А зачем?..

DjVu Вы всё равно ничем не сконвертируете, это весьма самодостаточный формат. Вроде бы можно его конвертировать с помощью продуктов от Adobe, но, согласитесь, задействовать для конвертации мощнейшую прогу распознавания текстов - чересчур уж экстремально.

Если подразумевается комфортное чтение на, скажем, планшете, то проги FBReader, CoolReader и AllReader отлично отображают все перечисленные Вами форматы, кроме DjVu. Для последнего я бы рекомендовал EBookDroid. Прога умеет делить двойные развороты и настраивать цвет фона. Имеется в виду, конечно, Android-планшеты.

Для чтения с дисплея на компе с Windows отлично подходят те же CoolReader и AllReader.

Если же Вас интересует катологизация библиотеки, в и-нете частенько предлагается Calibre. Я пробовал - не понравилось...

На мой взгляд, лучшая прога для этих целей - ICE Book Reader. Вот она-то как раз и конвертирует почти все текстовые форматы (кроме pdf и djvu), правда, в свой собственный формат. Но это даже удобно. Можно собрать личную библиотеку в одной папке, да ещё и легко отсортировать её по категориям.