Разрешено ли иметь две трудовые книжки?

Иметь две трудовые книжки законом не запрещается, а вот при начислении пенсии точно могут возникнуть проблемы - пенсионному фонда иногда через суд приходится доказывать то, что уже имеющиеся записи должны входить в стаж (знаю пару таких случаев), а уж если будут разночтения, то они обязательно воспользуются случаем и признают какие-нибудь записи недействительными.

Лучше получить необходимое подтверждение о работе в организациях из одной книжки и внести необходимые записи в другую (чем больше времени упущено, тем сложнее будет "догонять" - организации могут закрыться, могут потерять архив (и такое бывает), вы можете переехать в другой регион и т.п.)

Однозначно стоит прийти к кадровику по текущему месту основной работы и спросить, что делать со второй трудовой и как объединить записи - грамотный кадровик что-нибудь придумает.