Почему все механические часы были задуманы с 12 часами, а не 24?

Да, в сутках 24 часа. И об этом знали уже в древности, задолго до появления механических часов.

Но дело в том, что они - вещь сугубо утилитарная. (Разного рода навороты и статусные модели рассматривать не будем, тем более, что всё это уже сильно позже появилось). А жизнь обыкновенного средневекового общества подразумевала чёткое деление на день и ночь. В практических целях это было удобнее. Тем более, что почти всё, что требовало точного измерения времени, происходило в светлую часть суток.

Кстати, на самых ранних часах была только часовая стрелка. Лишь в шестнадцатом веке появилась минутная, а с восемнадцатого века - и секундная. Но и потом, даже в наши дни, выпускались и выпускаются часы всего лишь с двумя стрелками. Всё зависит, таким образом, от потребностей тех, кто будет использовать часы.