Почему видео длиной 3 минуты рендерится 4 часа?

Это зависит от многих характеристик, например, от вложенных эпизодов, использования эффектов и прочего. Ну, и конечно, не стоит забывать о характеристиках рабочего компьютера. вполне возмоно, что в момент рендера у вас в фоновом режиме работала программа, отнимающая оперативную память, необходимую для работы Premiere.