Почему считают, что в головах поселяются тараканы, а не бабочки например?

Я, думаю, из-за схожести их образа действий. Тот, кто жил в сообществе с тараканами, то есть, простите, рядом с тараканами (да, пропадут они на веки вечные), тот, воленс-неволенс, наблюдал за их поведением.

То, они собираются в одну кучу, шелестят крылышками и о чём-то шушукаются между собой, а о чём - не поймёшь.

То, вдруг, разбегаются в разные стороны, лишь прольётся на них свет - тут уже, не поймаешь.

Так же и мысли в голове. Копятся, копятся, всё темно и непонятно. Начала и конца им не видать, и решение где-то рядышком и вот-вот оно. Но, хлоп, что-то отвлекло, мысли стремительно разлетаются по своим углам, оставляя пустое место.

Так, что я считаю выражение "тараканы в голове" возникло чисто из ассоциативной аппроксимации.

Скорей всего потому, что тараканы - это не убиваемые существа и они способны пережить практически любую катастрофу (кроме удара тапком). Следовательно и говорят, что у нее тараканы в голове - насекомое от которого нельзя избавиться (чаще всего так говорят про странного человека, про психа, про человека с какими - то психическими отклонениями). Ну а вы можете же всегда заменить эту фразу на "бабочки в голове", хотя эта фраза немного неуместна, так бабочками принято называть чувства происходящие при влюбленности.