Почему при скачивании некоторых программ требуется отключить антивирус?

Самое вероятное объяснение - чтобы можно было беспрепятственно установить вам вирус.

Много лет назад, когда все было предельно просто, вирусы обладали характерными отличительными чертами - они хотели что-то испортить, забить всю память мусором, заблокировать компьютер, удалить или переписать пользовательские файлы. Антивирусы были тоже простыми - они реагировали на конкретные вредоносные признаки и успешно "лечили" системы.

Время шло и хулиганская мысль старалась опередить мысль защитную. Вирусы стали менять программы все менее заметно и все более экзотическими способами, заранее перечислить которые было невозможно, и потому появились эвристические алгоритмы антивирусов, которые пытались "угадать" наличие вируса по совокупности подозрительных явлений. Безопасные программы иногда попадали под раздачу, но вцелом это помогали.

Сейчас мир перевернулся. Теперь программы сами становятся похожими на вирусы. Технология Adobe Flash предоставляет собственную внутреннюю среду исполнения приложений, способных отжирать практически все ресурсы процессора, перехватывать содержимое буфера обмена, получать доступ к вашему микрофону и веб-камере. Некоторые антивирусы вполне объяснимо могут посчитать такой набор полномочий подозрительным и блокировать установку приложения. А дальше уж вам решать самому - устанавливать ли потенциально опасное для вас приложение.