Почему при форматировании флешки в ntfs её объём стал меньше?

Это обусловлено многими факторами.

Первое, и самое основное - на флешке должна быть размещена таблица файлов. Это обязательная часть файловой системы, от нее избавиться нельзя.

Второе - на носитель сразу же после форматирования могут быть скопированы определенные системные файлы, на пример файлы настроек отображения папок. Папка корзины, папка резервных копий. Обычно эти папки не создаются на сменных накопителях, но в некоторых случаях все же могут там появиться.

Проверьте флешку на наличие вирусов, вирусы могут копироваться на флешку без Вашего ведома.

Включите функцию отображения скрытых и системных файлов, и посмотрите что там есть, возможно это прольет свет на загадочное исчезновение места.

Проверьте, не включено ли сжатие файлов на носителе. Может показаться что это не должно влиять, но по сути сжатие - это архив который отображается в виде файловой системы, а для его организации требуется дополнительное место.

Так же иногда некоторые операционные системы начинают использовать сменные накопители как дополнительную память, поэтому туда может автоматически сбрасываться содержимое памяти омпьютера.

В ответе описал все возможные варианты (которые пришли сейчас на ум), но это не значит что все они являются причиной потери места. В первую очередь склоняюсь к включенной функции сжатия файловой системы или/и наличию вируса. Для более конкретного ответа необходимо больше исходных данных, таких как наличие скрытых или системных файлов, их названий и знания включенных опций на конкретном компьютере.