Почему после бега болят ноги ниже колен?

Потому что когда вы бегаете, работает очень много мышц, в том числе и икроножные мышцы (ноги ниже колен, как Вы выразились). Если Вы в первые вышли на пробежку(а это, похоже, так), то это пройдет максимум через дней пять, а если будете регулярно бегать, давать физическую нагрузку на мышцы, то и вовсе дня через три. Мышцы болят, так как при большой нагрузке на мышечных волокнах появляются микротрещины, плюс образуется молочная кислота. Вот ее надо из мышц выгонять физическими нагрузками. Тогда болеть будет меньше.