Почему нельзя выдавать зарплату, заранее вычтя подоходный налог?

Потому что действующее на данный момент налоговое законодательство не предусматривает уплату налогов за счет средств налогового агента (НА), а именно в такой роли выступает работодатель по отношению к собственным работникам, подробнее здесь (обратите внимание на девятый пункт).

Если же организация или ИП-шник решит заранее (до выплаты зарплаты) перечислить НДФЛ в бюджет, то фискальные органы могут просто не зачесть эти деньги в счет уплаты налога, и за НА будет числиться недоимка.

Можно, конечно, тешить себя мыслью о том, что многие суды в подобных спорах встают на сторону налоговых агентов, но подумайте о той нервотрепке, которая неизбежна при любых судебных разбирательствах с ФНС. А посему не стоит платить данный налог заранее.