Почему не все банки работают с материнским капиталом?

Потому что есть банки, которым по тем или иным причинам ЦБ не доверяет. Государственные средства, к коим относится и маткапитал, государство предпочитает переводить только в те банки, у которых завтра/послезавтра не отзовут лицензию. Делается это для того, чтобы в первую очередь защитить материнский капитал от недобросовестных предпринимателей. В общем, в наших с Вами интересах.