Почему Яндекс выдаёт дубли URL страниц и отправляет их на 404?

Если увеличение двукратное, то зачастую причина этого проста, например бывает такое в той ситуации, если домен не склеен с www.

У меня тоже самое одно время было, поскольку некоторые пользователи почему-то пытались зайти не на обычный домен, а с добавлением ввв, а он как раз у меня и не работает.

Просто склейте основной домен с www (в файле .htaccess это делается, c помощью mod-rewrite) все запросы пойдут именно на основной домен, тогда таких проблем не будет и ошибок 404 тоже.