Почему файл mkv не копируется на флешку?

Стандартно и обычно файловая система флешки - FAT32, которая не позволяет копировать на себя файлы размером более 4 Gb.

Для решение проблемы - либо переформатировать флешку в NTFS (но могут возникнуть проблемы с проигрыванием на"бытовом железе" - плеерах, телепанелях), либо "разрезать" файл на части менее 4 Gb (Total Commander позволяет это сделать, а видеофайлы можно разделить в видеоредакторах).