Почему египетских фараонов мы называем на греческий манер?

Потому что историю Египта первыми описывали греки. У египтян тоже были свои исторические "сочинения", но в картинках. Поэтому-то мы и узнали, как это у них звучало тогда, когда греческие названия уже давно прижились. А Вы предлагаете везде вернуться к самоназваниям? Это будет такой переворот, что всем мало не покажется))) Проще оставить все, как есть.