Почему бухгалтер всем считает зарплату на компьютере, а сис. ад на бумаге?

Либо по бухгалтерской программе сисадмин не проходит, либо алгоритм расчета его зарплаты настолько нестандартен, что его зарплату можно рассчитать только на листочке. Это может быть в том случае, когда зарплата сисадмина складывается из множества отдельно оплачиваемых работ, стоимость каждой из которых оговаривается отдельно, такое бывает. Вводить такой сложный алгоритм в бухгалтерскую программу из-за одного-двух человек не считают нужным, поэтому и рассчитывают их зарплату вручную.

Две версии:

• первая: зарплата сисадмина рассчитывается в данной компании по-какому то особо сложному принципу, а бухгалтерская компьютерная программа считает по-своему. Поэтому бухгалтер вначале считает на бумаге, а результаты заносит в компьютерную программу;
• вторая: сисадмин работает неофициально, а остальные сотрудники устроены официально. Поэтому в компьютерной программе рассчитывается только зарплата официальных сотрудников, а сисадмин получает зарплату "в конверте".

Бухгалтер обычно выполняет распоряжения начальника. Раз бухгалтер считает системному администратору зарплату не в общей программе, то скорее всего, у начальника с этим работником какие-то особые отношения.