Обычные и portable-версии программ. Какие опаснее?

В принципе в плане защиты информации особой разницы нет, обычная это версия программы или "potrable". При желании и тот, и другой вариант, можно при желании "завернуть в нехорошую обёртку". Всё зависит от того, доверяете-ли Вы поставщику этой, конкретной, версии программы.

Что-же касается "мусора", то portable-версия наверно предпочтительнее. Обычный дистрибутив кроме каталога установки может "засорить" и системные папки. При удалении такой версии программы велика вероятность остаточного мусора именно в системных папках. В portable-версии все необходимые библиотеки находятся в том-же месте, что и основная программа.

Ну и при работе обе версии одинаково могут оставлять "рабочий мусор".