Начальник некомпетентный по некоторым вопросам, сказать ему об этом?

Хм. А кто решил что он не компетентный? Ведь кто то его назначил начальником, и не просто так. Но вы имеете право выразить свое мнение, по тому или другому вопросу. Тут дело как это сделать? Говорить, вот вы не компетентен, не имеет смысла, можно нажить врага. Просто сказать, что можно сделать так или этак, решение принемать ему, ведь он отвечает за работу коллектива. Ну или, если у вас хватит сил, и достаточно довадов, можно перепрыгуть через голову, но и тут ситуация может выстрелить против вас.

Ни в коем случае, начальник он для того поставлен что бы управлять всеми вами суперкомпетентными сотрудниками. Ему не обязательно знать все тонкости именно Вашей работы, ему обязательно знать как Вас мотивировать, что бы Вы не накосячили. А если Вас это не убедило, то вспомните инструкцию в которой пункт 1 Начальник всегда прав, пункт 2 Если начальник не прав смотри пункт первый.