Можно ли удалять папку «System volume information» на флешке?

На флешке можно удалять всё, что Вам заблагорассудится. Такая папка создаётся на всех сменных и не сменных носителях? которые подключаются к компьютерам с ОС Windows. Если Вы что-то удалите с флешки в ОС на ядре Linux, то на ней появится папка . Trash. Её тоже можно смело удалять.

Да подумайте логически. Изначально на флешке эта папка была? - Нет. Работало нормально? - Да. Так с какого такого перепугу после удаления этой папки должны возникнуть проблемы?

Windows не позволяет её удалить, а в Linux или MacOS флешку подключтить не получается? Тогда банальное форматирование её. После него эта папка будет занимать 0 байт... Я в Линуксе... смотрю на флешку, которая побывала в винде... Да, появилась папка с именем "System Volume Information". Там 76 байт. Заняты под индексирование содержимого флешки (с его помощью винда быстрее ищет файлы). Давлю Shift>Delete... И "вуа-ля" - эта папка ушла в небытие и мимо корзины. И линуксовая .Trash не нарисовалась.

Не заморачивайтесь с этой папкой. Места занимает мизер, но ускоряет поиск файлов.