Может ли продать квартиру собственник, если там прописан другой человек?

Да, может.

Собственник квартиры - это человек на которого оформлены документы и он имеет все права на любое юридическое действие со своей собственностью.

Прописанный человек имеет право только на проживание в этой квартире.

Когда продают квартиру, то покупатели хотят справку, что в квартире никто не прописан.

Поэтому нужно либо договориться с прописанным человеком выписаться из квартиры либо выписать его через решение суда.

Если ваш прописанный не хочет выписываться по взаимному согласию, то лучше заранее начать судебный процесс, чтобы к продаже квартиры уже можно было его выписать.