Могут ли быть супруги с разными фамилиями?

По правилам русского языка буквы "Е" и "Ё" это разные буквы. Буква "Ё" произносится по другому и в слове на неё всегда ставится ударение. Соответственно, находясь в слове эти буквы меняют его значение и это будут разныи слова, а значит и разные фамилии. Если это ошибка ЗАГСа, хотя обычно в ЗАГСе к букве "Ё" относятся серьёзно, но всё же бывает, то в дальнейшем это будет зависить от обстоятельств. С нынешним пренебрежительным отношением к букве "Ё", может быть, что где-то посчитают у супруг фамилии одинаковыми, а где-то может и разными, возможно даже потребуется решение Суда. Это может касаться как супругов, так и их детей...

Конечно могут быть с разными фамилиями не только в одной букве но и совершенно с разными фамилиями. Например если супругу не устраивает фамилия мужа, то она может оставить свою.

мне кажется что если отличия только в буквах е и ё то нет проблем,

Может быть всё.Только думаю это как-то странно.