Кто регулирует наценку в магазинах?

Немного упрощенно, но в целом, Вы все правильно сформулировали:

Дело в том, что вмешиваться в механизм ценообразования частных компаний государство не вправе, за исключением случаев, когда в течение календарного месяца, а точнее 30 дней подряд, рост розничных цен на социально значимые продукты питания первой необходимости составит 30 или более процентов. В этом случае Правительство РФ может установить предельно допустимые розничные цены (перечень этих самых социально значимых продовольственных товаров, кстати, тоже формируется им же), и то на срок - не более трех месяцев.

В ответе не касаюсь госрегулирования цен на лекарства и тарифы, поскольку речь в Вашем вопросе о магазинах.