Какую программу для предприятия выбрать?

Для того, чтобы вести деятельность на складе, откуда товар отгружается по разным торговым точкам, достаточно будет использовать 1С 7.7 (Торговля+Склад).

Оттуда можно будет потом выгружать данные в основную программу предприятия. Например, в 1С Предприятие.

Управление торговлей тоже подойдет, но для операторов она может показаться сложноватой.

Еще надо уделить особое внимание полномочиям операторов (что им можно делать, а что нельзя).