Какой программой можно проверить boot сектор системы Windows?

Немножечко неправильно поставлен вопрос. Давайте попробуем разобраться. Бут сектор находится не в операционной система, а на жестком диске, вот его то и следует проверять на наличие ошибок и поврежденных мест (секторов, кластеров). Для этих целей подойдет такая программа как Акронис, которая не только может исправить ошибки записи данных на носитель, но и изменить дисковое пространство без переустановки операционной системы. Так же может сделать клон системы, тогда переустановка у Вас всех программ, включая Виндов будет занимать 15-20 минут.