Каким образом направить воздушные потоки в системном блоке?

Эффективное охлаждения компонентов системного блока можно организовать по такой схеме:

спереди внизу системного блока должен стоять вентилятор (желательно большой - 120 мм) и нагнетать в середину холодный воздух. Сзади вверху тоже должен стоять вентилятор (120 мм), который будет отвечать за отвод нагретого воздуха. Естественно не все корпусы позволяют организовать такое охлаждение, поэтому можно сказать, что это лишь один из вариантов.

Зачем ставить большой вентилятор (120 мм)?

Потому что, он перегоняет большой объем воздуха и работает на сравнительно не высоких оборотах и соответственно издает меньше шума, чем вентиляторы меньшего размера.