Каким образом летает супермен?

Во первых он он криптонианець и родился под красным солнцем которое их убивало, а наше солнце "желтое" даёт криптонианцем силу, в частности некий контроль гравитацией.

Во вторых он живёт не в нашей вселенной а вселенной DC, а там могут быть другие законы физики поскольку это другая реальность, более подробно об этом можно узнать изучив теорию Струн, и теорию Мультивселенной.