Как выбрать программу для проектов?

Главные критерии должны быть: цена, функциональность, легкость интеграции.

Лично я для себя использую gitlab, для управления разработкой проектов. Многие компании используют jira, но это чистый менеджмент, без хранилища репозиториев. Многим нравится redmine.

Вам в любом случае нужно попробовать каждую, что бы определить какая лучше.

Если система нужна исключительно для одного или пары человек то я бы рекомендовал redmine, лично я пользуюсь Jira + Stash + Confluence и очень доволен и цена очень радует (30$ за все 3 продукта на 10 человек) единственный минус продукты Atlassian достаточно прожорливы.