Как в AutoCAD удалить слой, содержащий внешние ссылки?

Этого сделать нельзя. Слой, содержащий внешние референсные ссылки, не может быть удален, это разрушило бы целостность структуры чертежа. По этой же причине нельзя менять стиль такого слоя.

Вы может отключить видимость такого слоя, если он Вам "мешает".