Как удалить сообщение в агенте mail.ru?

Мне неизвестно, какой версии у вас установлен Агент Mail.ru (свой я уже давненько, лет этак несколько не обновлял), но, думаю, что ничего существенного, относительно интерфейса в агенте не изменилось.

Сообщения в Агенте можно удалить как по одному, так и все сообщения сразу. Для этого нужно в главном меню (вверху) нажать "Архив" и в открывшемся окне выбрать "Удалить все" или выделив одно или несколько сообщений, нажать "Удалить". Удаления можно делать как среди входящих, так и исходящих сообщений, для этого слева вверху есть соответствующие кнопки: "Все сообщения", "Входящие", "Исходящие". Пробуйте.