Как считать зарплату с учетом остатков склада?

Зарплата не зависит от остатков на складе, она начисляется в соответствии с трудовым договором. Возможно в договоре и написано, что Вы получаете премию в зависимости от остатков на складе, но эти расчеты должны быть конкретно прописаны. Другое дело если Вы отвечаете за склад и у Вас недостача. Тогда начисляется зарплата, потом пишется соглашение с директором предприятия о погашении недостачи и только после этого вносите деньги в кассу. Ситуация не до конца описана в вопросе.