Как переустановить Винду поверх старой поэтапно?

Как я понимаю, "поверх" - значит установить с сохранением всех установленных приложений. Никак, ни поэтапно, ни вкратце Вы этого не сделаете. Можно только попытаться восстановить уже установленную Винду с помощью диска с дистрибутивом. Средств установки Винды поверх старой не существует. Любая установка приводит к очистке папок Program Files и реестра, так что после нее у Вас будет "новая" и чистая ОС. Задумываться о восстановлении ОС нужно сразу же после ее установки, а не когда "припрет".