Как лучше сортировать папки на рабочем столе компьютера?

Лучше всего - никак.

У меня, как у линуксоида, вообще нет на рабочем столе ни одной папки. А нафига они? Если при открытии файлового менеджера у меня имеется весь расклад всего своего по темам?

Хотя, на работе я держу одну папку на рабочем столе. Ту, с которой приходится работать ежедневно. Но только её.

Ту же идеологию я перенёс и в Windows для других, кому ставлю и настраиваю эту ОС. Всё самое востребованное я помещаю в Rocket Dock. Меню быстрого запуска оставляю пустым - больше места на панели задач. Стол в результате чистый и красивый. А Вам нравится стол, рабочий или кухонный, заваленный разным неубранным, но на Ваш взгляд нужным, которое понадобится хрен его знает - когда?

Вот видуха моего рабочего стола. Зацените.

При наводке мыши в левый верхний угол возникает панель избранных программ. Внизу Cairo Dock. Похож на Rocket Dock, но заменяет ещё и панель задач. Поэтому запускаемых программ я в нём не держу, за исключением служебных и кнопки выключения компьютера.

Отрытые в данное время программы в нём справа (браузер FireFox, почтовая программа и органайзер Evolution, и попросилась поработать служба обновления ОС и ПО).