Как добавить программы в виртуальную машину?

Точно так же как и в реальную. Можно из под виртуальной машины зайти в браузер и скачать с сайта. Если ВМ не выпущена в интернет и установочный файл есть, то можно воспользоваться различными средствами взаимодействия. Например, подключить общую сетевую папку между реальной машиной и виртуальной; скинуть установочный файл на флешку и пробросить ее в виртуальную машину; если система виртуализации на базе VmWare, то после установки VmWare Tools внутри виртуальной машины будет работать буфер обмена (в том числе для файлов) и drag'n'drop между хост-машиной (реальной) и гостевой (виртуальной).