Как будет считаться пенсия у самозанятых граждан?

Самозанятые, это вы имеете ввиду безработные? Или ИП-шники с нулевым балансом? Интересная формулировка.

Т.е это те, которые не платят налоги и пенсионные взносы?

Однозначно по минималке. Причём, что для родившихся до 1967 года (по старой считалке), что для родившихся после 1967. По новой считалке там социальная части и накопительная.

В вопросе мало исходной информации. Если "самозанятый" после 1967 года и он в накопительную часть что-то "самоотчислял" в пенсионный фонд, то у него ещё есть шанс оторваться от минималки, а так нет, с чего? Может инвалидность в помощь или пособие по малообеспеченности. Других вариантов нет