Если у меня карточка в долларах, а мне нужно положить на яндекс деньги?

Да, при зачислении с карточки в валюте на счет или другую карточку, номинированную в рублях, происходит конвертация в рубли по курсу вашего банка и только после этого деньги уходят на другой счет. Все будет в рублях, хоть и меньше, чем должно было бы быть по курсу Центрального Банка.