Что это может быть за здание такое?

Всё зависит от того намеренно ли затоплено данное здание или это непреднамеренная авария.

Если намеренно, то возможно это какой-то цех, где делают или ремонтируют суда. Вот они то на воде и стоят. Например тестируют батискафы и там же доделывают если есть неисправности. Ещё возможно это какой-то питомник, где держат водоплавающих или разводят каких-нибудь бактерий или морские растения (научная лаборатория). Ещё могут затопить грязной жижей если на дне хотят что-то спрятать, про что не хотят чтобы кто-то видел.

Если затопление случайное, то это здание в прошлом может быть чем угодно.

Это мог быть зерновой элеватор. Технические требования к сооружению зерновых элеваторов подразумевают примерно такое здание - над землей 2-3 этажа и под землей еще столько же. Отличительные признаки его это транспортеры идущие с самого низа до верха, через перекрытия этажей.

может камеры допросов и пыток каких-нибудь Сталинских или других времён. Их частенько располагали под землёй чтобы крики не были слышны на поверхности. А заброшенный цех над землёй могли обустроить уже после того как здание потеряло своё назначение.