Что делать, если не удаляется папка с флешки?

Не исключено, что в этой папке лежит действующий в данный момент файл. Если она пуста, то там может быть скрытый, или спрятанный как системный, файл-загрузчик вируса или чего-то в этом роде.

В этом случае нужно сначала предотвратить запуск (например, зажав шифт для остановки автозагрузки)..

Иногда папка может не удаляться из-за повреждения файловой системы.

Возможно аттрибут файла только чтение. Используйте ТоталКоммандер в нем просто изменять аттрибуты, удалять и производить операции даже с системными папками. И анлокер в него встроен да и много чего. Качнуть можно здесь.

Или с торренттрекера качайте торрент.