Что делать, если к жене приехала сестра и долго не уезжает восвояси?

Думаю, что нужно сказать то, что Вам это не нравится Вашей жене. Только деликатно, т.е. не смотря на все Ваши глубочайшие чувства к родственникам жены, Вы все таки предпочли бы жить вдвоем, а не втроем. Думаю жена уже смогла бы найти подход к сестре и дать понять, что ей рады, но не столь долго...