Что будет если удалить все папки с appdata?

Ничего хорошего, это точно!

В этой папке содержатся служебные данные программ пользователя, и если их удалить то система скорее всего и программы которые хранили в ней свои данные, попросту перестанут работать.

В этой папке, можно удалять папки, только удаленных ранее приложений и программ. По этому если на пк включена функция восстановление системы, то рекоммендую откатить систему до того как была удалена данная папка.