Чем отличается святая вода с реки, от воды в чане, взятая на Крещение?

На эту тему написано тут очень много. Видимо, вы имеете в виду воду с реки в целом. В таком случае, открою вам секрет) - вода действительно святая там, где происходит чин великого водоосвятия. То есть, на самом деле не вся вода становится великой агиасмой в ночь на Крещение Господне. Такова точка зрения Церкви. Вода, освящаемая в храме действительно свята и обладает благодатными чудодейственными свойствами.

Если мы говорим о воде, освящаемой на реке в купели, то таковая становится великой агиасмой. Разница лишь в том, что вода в реке более грязная в меру естественных причин. А так она такая же святая.