Чем отличается «настройка» от «надстройка»?

В данном вопросе разница более чем очевидна. Настройка - это процесс регулирки узлов, механизмов, приборов и т.п. Надстройка - это то, что построили над чем-то. Вообще слово надстройка имеет несколько значений и используется в строительстве, судостроении, топлогии и историческом материализме.

Настройка - подбор режимов работы, изменение параметров для приведения в работоспособное состояние (настройка прибора, настройка радиоприемника).

Надстройка - дополнительное строение на базе уже существующего, в прямом или переносном смысле (надстройка к дому, базис и надстройка)

Надстройка является чем-то дополнительным относительно основной конструкции. Своеобразным модулем, модом или плагином.

А настройка - это изменение параметров программы, ОСи или чего-либо другого. Всё просто.