А Польская сторона объяснила свой демарш?

Да, Польская сторона все объяснила. Да и не таким длительным был этот запрет. Правда, самолету с министром обороны России пришлось возвращаться обратно в Словакию. Ну что поделаешь, если в документах

После приземления в Братиславе Шойгу и члены российской делегации из самолета не выходили. Как сообщалось, только был

Судя по тому, что новости о запрете и о его отмене (см. ссылки в ответе) появились с интервалом примерно в один час, "разрулить" ситуацию удалось довольно быстро.

Никакой подоплеки в этой ситуации, думаю, искать не надо.

А почему по этим же документам, с таким же статусом полета, не запретили пролет над Польшей по пути в Словакию, и только на обратном пути возникли проблемы? Кто знает. Может, не досмотрели. А может учли, что делегация может опоздать и не принять

Может, еще что-то. Об этом не сообщается. Думаю, человеческий фактор. И ничего более.